Com o fim do mandato do emedebista e do foro que o resguardava de punições judiciais, o inquérito dos portos, uma ampla investigação da Polícia Federal – só o relatório final soma 820 páginas – foi dividida em três partes. A principal delas, que trata de suposta propina paga a Temer por empresas do setor portuário em troca da ampliação de 25 para 35 anos nos prazos dos contratos de arrendamento dos terminais, tramita na 10ª Vara da Justiça Federal de Brasília. Outra, que trata da reforma na casa de Maristela Temer, filha do ex-presidente, foi para a Justiça Federal em São Paulo e o caso da Eletronuclear caiu nas mãos do juiz titular da 7ª Vara Federal do Rio, Marcelo Bretas.